Aplicaciones científicas para GNU Linux – Biología

Seguimos con nuestra cuarta entrega sobre las aplicaciones científicas para GNU Linux. Hoy le toca el turno a la ciencia que tiene como objeto el estudio de los seres vivos, es decir, la biología. Recordad que la idea de ésta serie de artículos está motivada por el centenario, éste año, del anuncio por parte de Albert Einstein de la Teoría de la Relatividad. Y de la celebración de la semana de la ciencia para la educación [enlace], en la que participa la Linux Foundation.

Hasta ahora hemos hablado de las aplicaciones para los ámbitos científicos de las matemáticas, álgebra y estadística.

linfocito

Trataremos diferentes aplicaciones existentes para el campo científico de la biología, comencemos.

Aplicaciones científicas para GNU Linux – Biología

EMBOSS

Es una suite bioinformática que se utiliza sobre todo en la biología molecular y genética. Su nombre deriva del inglés, es una acrónimo, que viene a decir “European Molecular Biology Open Software Suite” Consiste su funcionamiento en recibir datos en multitud de formatos y analizarlos en múltiples maneras.  Contiene herramientas que permiten analizar ácidos nucleicos y proteínas. Funciona desde la línea de comandos, también existen interfaces gráficas para facilitar su uso. Es software libre, utiliza una licencia GNU GPL. Entre las interfaces disponibles destaca Jemboss, que está escrita en java. Existen muchas otras que podéis consultar. Para consultar información sobre el producto aquí.

jemboss-screenshot

GROMACS

Se trata de un simulador  de alto rendimiento para la dinámica molecular. Simular las ecucaciones de Newton del movimiento. Es software libre , ya que utiliza la licencia GNU GPL, también es multiplataforma. Puede trabajar con la información de cientos de millones de partículas. Está diseñado principalmente para trabajar con moléculas bioquímicas como proteínas, lípidos y ácidos nucleicos.  Es muy veloz, debido a la optimización de algoritmos y procesador.  Se opera con él a través de la línea de comandos, y puedo trabajar con ficheros de entrada y salida. Al igual que con otros programas, existen diferentes interfaces gráficas disponibles, que podéis consultar aquí.

gromacs-kde-500

En la imagen anterior vemos la aplicación Gromacs GUI, para KDE. Para consultar más información sobre GROMACS, aquí.

Bio-Linux

Es una potente y excelente plataforma bioinformática libre. Se puede instalar sobre una estación de trabajo, un portátil ,un servidor o sobre una máquina virtual.  La versión 8 del producto añade más de 250 paquetes de bioinformática sobre una sistema basado en Ubuntu Linux 14.04 LTS. Incluye más de 50 programas con entorno gráfico y cientos de herramientas de línea de comandos. La herramienta “Galaxy” viene incorporada con ésta nueva versión. Para obtener más información y probar el producto aquí.

Bio-Linux_11

Aquí he añadido las que creo más importantes y cumplen con los requisitos de estar disponibles para GNU Linux y ser Software Libre. Existen otras que podéis consultar en los siguientes enlaces:

UbuntuScience – Biology

BioInformatics

Al igual que en otros artículos de la serie, podéis dejar un comentario más abajo, si pensáis que me he dejado una herramienta imprescindible para la biología, y que está disponible para GNU Linux y es Software Libre.

Las imagenes que he utilizado para el artículo son de las páginas oficiales.  Respecto a la imagen del linfocito de la portada, tiene derechos de dominio público.

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